酶標儀具有功能強大的內部軟件，有包括中文在內的多種界面語言可選。功能包括：設置微孔板布局(包括空白、標準品、待測樣品、質控品等)，顯示檢測結果，進行數據處理(包括動力學分析，數據預處理，曲線擬合，數據分類，質控等)。此外，FC也可以使用功能強大的SkanIt軟件進行儀器的控制和數據結果的處理。
酶標儀的主要檢測項目
1.酶標儀在醫療行業的檢測項目：
(1)過敏原：皮膚不耐受等；
(2)甲狀腺：促甲狀腺激素，T3T4等；
(3)糖尿病：C肽，胰島素，胰島素抗體，胰島素原等；
(4)優生優育：弓形蟲抗體，巨細胞病毒，風疹病毒等；
(4)不孕癥：性激素六項，泌乳素，雌三醇，生長素，抗精子抗體等；
(5)傳染病類：例如肝炎，艾滋病，衣原體，肺炎支原體，梅毒，水痘等；
(6)腫瘤標志物：癌胚抗原，甲胎蛋白，乳腺癌，卵巢癌，膀胱癌，胃腸癌等。
2.酶標儀在食品衛生，農業以及畜牧行業的檢測項目：
(1)營養成分；
(2)添加劑；
(3)農藥殘留量；
(4)菌毒素；
(5)無機毒素；
(6)抗生素激素殘留；
(7)致癌物質殘留；
(8)有毒有害物質污染等。
