洗板機主要由機殼、清洗頭升降單元、微滴板驅動單元、壓力和真空單元、開/關電源、微處理器及外設等幾大部分組成。
(一)清洗頭升降單元
主要由清洗頭、螺母、絲桿和升降電機等組成。在清洗頭上，注射管和吸液管為同軸，注射管在吸液管的內部，這樣可以在同一位置實現吸液—注液—吸液的洗滌步驟，提高工作效率(有的洗板機注射管位于吸液管上部，前者比后者短，如奧地利的SLT智能化洗板機)。
由于U形底、V形底和平底等不同形狀的微滴板的沖洗高度不同，因此要求清洗頭沖洗位置的高度能自動精確地進行調整。螺旋轉動機構可以利用絲桿螺母的自鎖性，保證清洗頭和螺母不會因重力而帶動絲桿轉動。清洗頭與螺母相固定，升降電機帶動絲桿轉動，絲桿再帶動螺母和清洗頭上下運動，完成清洗頭的升降功能(有的洗板機如奧地利的SLT智能化洗板機，其高度的升降可以用微電腦鍵盤上的控制鍵進行自動調節)。
(二)微滴板驅動單元
主要由微滴板載盒、滑板、傳動帶、滑軌和走板電機等組成。磁力傳動可提高整機的密封性，微滴板載盒與其驅動機構之間由機殼左部的導板*隔離。在磁力作用下，微滴板載盒在機殼左部的導板內來回運動，完成微滴板載盒的進退功能。
(三)壓力和真空單元
主要由真空/壓力泵、真空管路、壓力管路、電磁閥、洗液瓶和廢液瓶等組成。
(四)開關電源、微處理器控制單元及外設
開關電源同時為電磁閥、升降電機提供直流電源。微處理器系統由單片機、程序存儲器、數據存儲器及相應的鎖存譯碼芯片構成，通過I/O接口來控制鍵盤和顯示屏等外設。通過鍵盤可輸人多項洗板參數。微處理器系統還可以控制走板及升降電機的啟停，實現雙向運動，同時I/O接口為電磁閥驅動電路送出控制信號，以改變壓力管路上電磁閥的工作狀態。斷電保護電路用以保護微處理器內部和外部RAM中的數據在電源斷電時不丟失。
